復合肥具有養分含量高、副成分少、物理性狀好等優點，對于平衡施肥，提高肥料利用率，促進作物的高產穩產有著十分重要的作用。
但它也有一些缺點，比如它的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。因此，使用前進行測土，了解田間土壤的質地和營養狀況，另外也要注意和單元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
一、復合肥肥效長，宜做基肥。
大量試驗表明，不論是二元還是三元復合肥均以基施為好。這是因為復合肥中含有氮、磷、鉀等多種養分，作物前期尤其對磷、鉀極為敏感，要求磷、鉀肥要作基肥早施。
復合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防貪青徒長。復合肥分解較慢，對播種時用復合肥做底肥的作物，應根據不同作物的需肥規律，在追肥時及時補充氮肥，以滿足作物營養需要。
二、復合肥濃度差異較大，應注意選擇合適的濃度。
目前，多數復合肥是按照某一區域土壤類型平均養分狀況和農作物需肥比例配置而成。市場上有高、中、低濃度系列復合肥，一般低濃度總養分在25%-30%之間，中濃度在30%-40%之間，高濃度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，選擇使用經濟、高效的復合肥。一般高濃度復合肥用在經濟類作物上，品質優，殘渣少，利用率高。
復合肥濃度較高，要避免種子與肥料直接接觸。復合肥養分含量高，若與種子或幼苗根系直接接觸，會影響出苗甚至燒苗、爛根。播種時，種子要與穴施、條施復合肥相距5-10厘米。
三、復合肥配比原料不同，應注意養分成分的使用范圍。
不同品牌、不同濃度復合肥所使用原料不同，生產上要根據土壤類型和作物種類選擇使用。
含硝酸根的復合肥，不要在葉菜類和水田里使用；
含銨離子的復合肥，不宜在鹽堿地上施用；
含氯化鉀或氯離子的復合肥不要在忌氯作物或鹽堿地上使用；
含硫酸鉀的復合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否則，將降低肥效，甚至毒害作物。復合肥中含有兩種或兩種以上大量元素，氮表施易揮發損失或隨雨水流失，磷、鉀易被土壤固定，特別是磷在土壤中移動性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情況肥料無法溶解，肥效更差，所以復合肥應深施覆土。