福建省農業科學院成立于1960年。現設有水稻、茶葉、果樹、作物、甘蔗、食用菌、畜牧獸醫、生物技術、農業生態、植物保護、土壤肥料、農業生物資源、農業工程技術、農業經濟與科技信息等研究所和中心實驗室以及科技干部培訓中心共16個研究（服務）機構。
擁有國家水稻改良中心福州分中心等3個重點實驗室（中心），福建省精密儀器農業測試重點實驗室等6個省級重點實驗室，福建省畜禽疫病防治工程技術研究中心等12個省級工程（技術）研究中心；建有國家龍眼-枇杷資源圃、福建省農業科研野外觀察站等8個國家和省級資源圃和野外觀察站。全院共有142多公頃實驗場（圃），保存珍貴作物種質資源13000多份。
在職職工1090人，其中，中國科學院院士1人、專家6人、省級專家15人、享受政府特殊津貼73人、國家“百千萬人才工程”人選5名、省“百千萬人才工程”人選37名；研究員120人，副研究員221人，中級專業技術人員317人；博士（生）108人、碩士（生）381人。建立了博士后科研工作站和中農院研究生教學實習基地，每年合作招收碩士、博士研究生100人左右。1978-2010年以來，共取得國家、部省級科技獎勵成果385項，其中省部級二等獎以上重大成果104項。
福建省農業科學院堅持以應用研究和開發研究為主，適當開展基礎研究，建立了作物育種、園藝科學、農業微生物、農業生態、動物傳染病、基礎生物學、植物保護、農產品加工、農村區域經濟、食用菌等10個創新團隊，著力提高科技創新能力。在水稻育種（超級稻、轉基因水稻）、果樹育種（枇杷、龍眼）、畜禽疫苗（番鴨細小病毒病）、水產病害（歐鰻小瓜蟲）、生物農藥（生物殺菌劑-ANTI8098A和生物殺蟲劑-BtA）、植物病蟲防治（捕食螨、柑桔黃龍病）、農業生態（紅萍資源）等方面研究居世界先進水平。
福建省農業科學院堅持服務“三農”，服務企業，近年來實施“雙百”行動，每年選派百名農業專家深入基層服務百家農業龍頭企業，選派百名農業專家駐點農村服務百個規模經營的專業農戶。建立了200多家農業龍頭企業技術示范點和300多個規模種植科技示范基地，探索出農業科技服務“三農”長效機制，有效推進了科技成果的轉化應用。