重慶市農業科學院是以原重慶市農業科學研究所、市果樹研究所、市作物研究所、市茶葉研究所、市農業機械研究所為基礎，由重慶市于2005年12月批準成立的公益型農業科研事業單位。下設8個職能處室、15個研究所（中心）。 依托建有農業部農產品質量監督檢驗測試中心（重慶）、重慶市農業重點實驗室、重慶市玉米工程技術研究中心、重慶市茶葉工程技術研究中心，控股重慶種業（集團）有限責任公司、重慶金穗種業有限責任公司、重慶云嶺茶業科技有限責任公司。
全院有干部職工1,338人，其中：離退休人員787人，在職職工551人。在職職工中具有高級職稱的專業技術人員117人，有博士學位5人、碩士學位41人，享受特殊津貼專家25人，重慶市學科技術帶頭人5人，后備人選6人，重慶有突出貢獻的中青年專家2人，重慶市“322重點人才工程”第二層次人選5人；“十七大”黨代表1名，十一屆、十二全國人大代表1名，市人大代表3名，市政協委員5名，獲首屆振興重慶爭光貢獻獎1名，“重慶市首屆有突出貢獻的中青年專家”2名。
“八五”以來，全院獲科技成果獎204項次，發表學術論文1400余篇，創新材料120多份，育成新品種80余個。其中，優質水稻育種進入全國先進行列，Q優6號和渝優600為國家認定的超級稻品種；玉米育種在西南地區處于領跑地位，渝單系列品種在全國推廣運用；糯玉米育種居于全國領先水平，渝糯7號為國家糯玉米區試對照種；兩系小麥材料創新、再生稻栽培等也居于全國領先水平；蔬菜育種、優質小麥育種、茶葉育種與加工、果樹資源開發利用等領域也在西南地區保持領先水平；擁有蔬菜種質資源占全國總資源的四分之一、西南地區的四分之三；研制的“云嶺永川秀芽”為全國的針型名茶，為重慶十大名茶之一。直轄以來，推廣水稻、玉米、小麥、蔬菜、茶樹、果樹等良種100多個，推廣面積1200多萬公頃，為重慶及周邊地區農業和農村經濟發展提供了強有力的科技支撐。
“十一五”期間，重慶市農科院以“西部，全國先進”建院目標定位，本部選址九龍坡區白市驛鎮，規劃占地面積2600畝，按 “一個核心，四大基地”的布局，即建設以院本部為核心，永川糧食作物試驗示范基地、永川茶葉試驗示范基地、江津果樹試驗示范基地、黔江武陵山區農業綜合實驗站等四大基地的創新平臺；堅持“科研立院、人才興院、服務強院”戰略，以機制創新為引擎，全面加強“基礎條件、學科體系、人才隊伍、和諧農科院”四大建設，提升科技創新能力和科技服務能力，努力建成集農業科研、示范、展覽、培訓、加工、物流為一體的農科院，展示重慶現代農業的示范園區和山地農業科技創新中心。