“九五”以來，福建種子工程建設在各級政府的高度重視下，全省累計投入資金1.6億元，種子工程建設取得了顯著成就。
一是全省種子管理機構“三定”工作基本完成，共有60個市、縣（區）種子管理站通過同級政府及其機構編制委員會的“三定”，健全了種子管理體系，穩定了種子推廣隊伍。
二是加強種子基礎設施建設，完善了良種繁育與推廣網絡。全省建立了各類農作物繁育基地28萬畝，新建了福建省海南農作物育種基地1個、農作物引種觀察圃14個、農作物品種區域試驗站82個、中試基地和千畝豐產示范園區19個，形成了較為完善的農作物新品種推廣網絡。
三是優質專用農作物新品種開發推廣取得新突破，有力地推進了農業結構的戰略性調整，促進了農民增產增收。推廣農作物新品種面積累計達1500萬公頃，主要農作物品種基本上更新換代一次。優質專用水稻、甘薯、馬鈴薯、特種玉米、大豆、花生新品種推廣比例大幅度提高，蔬菜品種進一步優質化、多樣化，不僅滿足了國內市場需求，而且成為當地出口創匯的拳頭產品。
四是種子質量檢驗網絡進一步健全，種子檢驗能力顯著提高。全省建成了以省種子質量監督檢驗站為龍頭，9個設區市種子質量監督檢驗站為依托，61個種子質量標準檢驗室為基礎的種子質量控制網絡，并不斷強化種子質量監督檢驗，種子質量明顯提高。五是種子企業的聯合、改組進程加快，種子龍頭企業雛形初步形成，種子企業市場競爭能力提高。隨著《中華人民共和國種子法》的實施，種子產業化有了新的突破，一些較大規模的種子股份制企業，如福建農嘉、福建金山、福建六三、福建閩豐等公司相繼成立，一種嶄新的種子經營格局正在形成。在大力推進種子事業不斷發展的同時，先后取得多項重要科技成果，多次受到國家農業部和省政府的表彰、獎勵。