黔東南州林業(yè)科學研究所是黔東南州林業(yè)局直屬的財政全額撥款事業(yè)單位，始建于1958年，1966年并入貴州省林業(yè)科學研究所，1978年12月恢復建所。目前，黔東南州林業(yè)科學研究所內設機構為2室3中心，即辦公室、科研業(yè)務室、對外交流合作中心、科技信息中心、林木良種繁育中心。宗旨是開展林業(yè)科學技術研究，促進科技發(fā)展；業(yè)務范圍包括林木遺傳育種、森林生態(tài)、森林培育、森林經營與保護、園林綠化、水土保持等方面研究及林業(yè)科學技術推廣、咨詢、培訓，林木種苗、園林植物等林產品開發(fā)與利用。
黔東南州林業(yè)科學研究所人員編制39人，現(xiàn)有在職職工26人，其中專業(yè)技術人員16人，行政管理人員8人，工勤人員2人。在專業(yè)技術人員中有工程技術應用研究員（正高）2人，高級工程師（副高）2人，工程師4人，經濟師1人，助理工程師7人。
在黔東南州林業(yè)局的領導和支持下，黔東南州林業(yè)科學研究所不斷攻艱克難，取得了一系列研究成果，為黔東南的經濟社會發(fā)展做出了積極的貢獻。30多年來，黔東南州林業(yè)科學研究所共榮獲部、省、州級科技進步獎近35項，其中林業(yè)部科技進步二等獎1項，省科技進步二等獎1項，三等獎6項，四等獎4項；省林業(yè)廳科技進步二等獎1項，三等獎2項，州科技成果轉化二等獎1項；州科技進步二等獎4項，三等獎9項、四等獎6項；先后發(fā)表科研論文100余篇，主持編著出版專著2部（《立木蓄積與原木材積表》、《黔東南常見森林植物圖譜》）；同時，先后有郭玉明、吳朝斌獲“政府特殊津貼”、楊光勇獲“貴州省五一勞動獎章”和“貴州省青年科技獎”，余忠權獲“貴州省科技興農人才獎”、王定江、楊漢遠獲“貴州省綠化獎章”，王定江獲“全省綠化先進個人記一等功”等榮譽稱號。
目前，黔東南州林業(yè)科學研究所國家、省、州科研項目共有25項，其中主持20項，協(xié)作5項（中國林科院資源昆蟲所1項、貴州大學林學院1項、省植物園1項、省林科院2項）。