杭州市植保土肥總站于2006年7月由杭州市編委批文組建。其職能主要是依法開展植物檢疫工作；受委托對農藥、化肥等農業生產資料實施日常監管；負責農作物生物災害的監測預警和防控；負責耕地質量、土壤肥力、農用水源和農業環境質量的監測、評價；開展相關的技術開發與推廣活動等。
杭州市植保土肥總站的前身為“杭州市病蟲觀察站”,創建于1961年。1987年改編為“杭州市植保植檢站”,1988年再次改編為“杭州市植物保護站”.2000年杭州市土壤肥料站與市植保站合暑辦公，2006年7月經杭州市編委批準，由杭州市植物保護站、杭州市土壤肥料站、杭州市植物檢疫站合拼組建成“杭州市植保土肥總站”.現地址位于杭海路434-1號，占地面積達1公頃，建筑面積近10000平方米，建有設備齊全的實驗室和病蟲監測實驗基地，擁有固定資產1500多萬元，員工30余人，其中高、中級技術人員二十余人，具有較強的科研開發和推廣能力。
惜過往歲月，總站及其前身在開展農作物病蟲草鼠害預測預報、病蟲草鼠害防治技術研究、技術開發、重大農業植物疫情防控、耕地質量管理及生態建設等方面取得了豐碩成果，先后被農業部授予植保體制改革和新技術推廣先進集體榮譽稱號，曾被共青團杭州市委、浙江省委授予市、省級青年文明號“榮譽稱號，杭州市授予”模范集體“稱號，并先后承擔完成國家、省、市多項研究及推廣項目，獲國家科技進步3等獎、浙江省科技進步2、3等獎，杭州市科技進步1、2、3等獎、浙江省農業豐收1、2、3等獎、杭州市農業豐收1、2、3等獎等數十項科技成果及推廣成果獎勵，發表科技論文100多篇。
”雄關漫道真如鐵，而今邁步從頭越“.總站將以科學發展觀為指引，秉承公共植保、公共土肥理念，創新思路、創新工作、創新服務、創新科技，為發展生態農業和現代農業作貢獻。